朱由检是个性情急躁的人，想到就会去做，当即便写了一封手诏，命人送往内阁，宣布要南巡祭祖。
然后，朝堂上不出意料的炸了。
内阁诸位阁老放弃了相互间的成见，不约而同的联名上疏，请求朱由检收回成命。
首辅大学士黄立极代表内阁亲自来到乾清宫，当面劝谏。
“陛下祭祖之行实乃大孝，按道理做臣子的不该阻拦，但陛下身系大明，不可轻易离开国都，祭祖可由公侯勋贵代祭便可。”黄立极劝道。
面对黄立极，朱由检并不想托辞解释，径自道：“朕意已决，元辅不必劝了。”
黄立极叹了口气，道：“老臣虽然不知道陛下执意南巡所为何事，但以陛下的性格，想必不是贪图江南繁华。既然如此，微臣愿替陛下守好内阁。”
黄立极知道自己并非皇帝心腹，能一直呆在内阁只是因为老实听话而已，故不再多劝。至于随驾南巡这样的事情，更是轮不到自己。便主动表示愿留在北京主持内阁事宜。
朱由检微微有些感动道：“有劳爱卿了。”
“如此微臣告退。”黄立极便道。
“元辅，怎么样，陛下怎么说？”刚回到内阁，孙承宗、温体仁、周延儒等阁老便围了上来，纷纷问道。
黄立极摇摇头：“我劝了，陛下执意要南巡......”
“陛下怎可如此？”孙承宗怒道，“国事如蜩如螗，天灾人祸，民生多艰，国库收入入不敷出，陛下不思节俭为民，却要耗费大量国帑行南巡之事，岂不闻隋炀之殷鉴哉？”
这是把崇祯比成隋炀帝啊，众阁老互相对视，皆暗叹孙承宗的大胆。在场众人，也只有孙承宗敢如此说话了。
“首辅劝不动陛下，我去，我要把利弊和陛下分说明白。周阁老、温阁老，你们和不和我一起？”孙承宗看向了周延儒和温体仁。黄立极这么快就回到内阁，让孙承宗怀疑他并没有认真劝谏，甚至主动迎合皇帝，毕竟黄立极一直以来都是皇帝说什么就做什么，毫无首辅的风骨。
“为人臣者自当劝君以善，我和孙阁老一起去！”周延儒不假思索的道。
温体仁却犹豫着。
“既然温阁老不肯去，咱们去吧。”轻蔑的看了温体仁一眼，孙承宗冷笑道。
温体仁叹道：“并非我不肯去，而是怕去了陛下也不肯见咱们。”
说罢，还是跟着一起去了。
事实果如温体仁所言，三人来到乾清宫求见时，有太监出来，告诉他们皇帝已经知道他们来意，请他们不必觐见。
“南巡祭祖，一来一去至少要大半年时间，国事岂能耽搁得起？天子出行，随从护卫数万人，要耗费多少民脂民膏，百姓岂可负担？咱们这便回去，发动大臣，皆上疏劝谏。”孙承宗一甩袖子，冷冽的道。
消息迅速传出，仅仅一天时间，送往宫的奏疏便堆积如山，皆是劝阻朱由检放弃南巡祭祖。对这些奏疏，朱由检看都不看一眼，命直接封存。
这些文官，总是想把自己这个皇帝永远圈在宫中，最好永远不和百姓接触，就在宫里当个摆设，当只会盖印的傀儡最符合他们心思。但朕又岂能如他们所愿？
有人的人朱由检直接拒见，但有的人他却没法不见，比如文渊阁大学士、科学院院正徐光启。
在另一个时空，仅当了不到一年的内阁大学士，徐光启便被罢官，回乡后潜心研究学问，三年后去世。而这个时空，徐光启已经在内阁呆了三年，然而他这个内阁大学士更像挂名，更多的精力放在了科学院中。时有人弹劾徐光启尸位素餐不该占据内阁位置，徐光启也多次上疏请辞，都被朱由检拒绝。以内阁阁员担任科学院院正，方能彰显科学院之重要！
然而即便如此，真正愿意入科学院研究科学的读书人却寥寥无几，毕竟读书是为了做官，除了少数真正爱好者，谁愿把时间精力放在没用的事情上？
“陛下，南巡之事万不可行......”
徐光启也是来劝谏的，他是个科学家，可总归还是读书人，还是大明的内阁大学士，对南巡这样“劳民伤财”的事情自然不能视而不见。
“先生，朕的内库很快会收入一大笔银子，朕想在科学院工科基础上成立一个工学院，在北门外划出一片土地，作为工学院校址，从今年起，工学院可扩大招生，一年可招千余学生，不知师资力量可能跟上？”朱由检答非所问道。